- 微生物及免疫學研究所 教授
- 專長領域: 細菌生化、細菌生理、蛋白質體學、藥物研發
- 辦公室位置: 生物醫學大樓(R312)
- TEL (實驗室): +886-2-28267000 ext 65620
- E-mail: sl.huang@nycu.edu.tw
- ORCID: 0000-0002-9252-1289
學歷
1990 美國愛荷華大學 (The University of Iowa) 微生物學系 博士
1985 陽明醫學院 微生物及免疫學研究所 碩士
1983 台灣大學 農業化學系 學士
經歷
- 社團法人台灣檢驗及品保學會 (TTQAS) 之副理事長
- 台灣微生物生態學學會創會副理事長、理事長 (2014-2018)
- 美國微生物學會 Country Ambassador to Taiwan (2012-2015)
- 建立女性科學家聯盟
- 國立陽明交通大學 生命科學院 榮譽副院長 (2025~present)
- 國立陽明交通大學 國際事務處 國際長 (2021/2~2021/11)
- 國立陽明大學 國際事務處 國際長 (2019/8~2021/1)
- 國立陽明大學 微生物及免疫學研究所 所長 (2017/2~2021/2)
- 國立陽明大學 醫學院 微生物學科 科主任 (2017/2~2021/2)
- 國立中央大學 生命科學系 教授兼系主任 (2010/8~2013/7)
- 國立中央大學 生物科技與生醫工程中心 教授兼中心主任 (2007/8~2013/7)
- 生物技術開發中心 製藥計畫 藥物發展組 研究員 (1992~1995)
- 美國禮萊藥廠 (Eli Lilly & Co.) 博士後研究員 (1991~1992)
- 指導學生於國內外獲獎超過80人次
<校外獎項>
- 2023 未來科技獎
- 2023 獲國科會頒發「指導有方」獎牌，表彰指導學生於111年度榮獲研究創作獎
- 2020 第十七屆 國家新創獎 新創精進獎
- 2018 台灣創新技術博覽會 銀牌獎
- 2013 台北國際發明暨交易展 銅牌獎
- 2012 千里馬盃全國創業競賽 金牌
- 2012 日本舉辦第一屆台灣產學智慧財產展 金賞
- 2011 台北國際發明暨交易展 金牌獎
- 2011 第八屆 國家新創獎
- 2010 第七屆 國家新創獎
- 2008 台灣農業化學會 學術榮譽獎
<校內獎項>
- 113年生科院院級第二、三季 重要論文
- 112年校級第一季重要期刊論文
- 112-1 本校課程傑出獎【藥品微生物學：品保和品管】
- 112 輔導境外學生績優教師
- 109年生科院第三季重要期刊論文
- 榮獲本校醫學院 105 學年度至112學年度之第二學期優良教師獎狀、107 學年度優良教師琉璃獎座
研討會主持人/主辦人
<主辦>
| 2025 | The 6th Asia Conference on Pharmaceutical Sciences (AsiaPharm VI) |
| Summer school and internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYCU, Taiwan | |
| 2024 | The 4th International Conference on Applied Sciences (ICAS 4) (Conference Organizing Chair) |
| Summer school and internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYCU, Taiwan | |
| 2023 | Summer school and internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYCU, Taiwan |
| 2021 | Pre-internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYCU, Taiwan |
| 2020 | Pre-internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYMU, Taiwan |
| 2019, 2018 |
Summer school and internship “Microbial biotechnology and drug discovery”, NYMU, Taiwan |
| 2017 | Summer school and internship “Frontiers in Microbiome and Cancer Immunology”, NYMU, Taiwan |
| 2010 | International Symposium on Microbial Ecology |
<主持>
| 2025 | 1. 台北榮民總醫院與國立陽明交通大學雙邊合作會議 |
| 2. 第8屆台灣微菌聯盟學術年會暨第3屆亞太微菌聯盟學術研討會 | |
| 3. TTQAS – 藥品微生物/細胞製劑管控技術論壇 | |
| 4. AsiaPharm VI (主辦人之一及大會報告主持人) | |
| 5. TTQAS – 2025年益生菌與外泌體在健康產業的應用論壇暨會員大會 | |
| 6. TTQAS – 細胞生物實驗室品質及安全管理師訓練班 (Session chair) | |
| 7. 台灣微生物學會年會大會報告及會前研討會，共 3 場 | |
| 2024 | 1. The 4th International Conference on Applied Sciences (ICAS 4) (Conference Organizing Chair) |
| 2. TTQAS – 細胞生物實驗是品質及安全管理師訓練班 | |
| 3. 台灣微生物學會年會大會報告及會前研討會，共 3 場 | |
| 2023 | 1. The 5th Asia Conference on Pharmaceutical Sciences (AsiaPharm V)
大會報告 |
| 2. TTQAS – 健康食品的開發與不同劑型的加工技術研討會 (Session chair) | |
| 3. 台灣微生物學會年會大會報告及會前研討會，共 3 場 | |
| 2022 | 1. 台灣微生物學會 111 年學術研討會keynote演講 |
| 2. 第十二屆亞洲微生物生態學年會-女性科學家圓桌會議之台灣代表、與談人 | |
| 3. 2022 第5屆台灣微菌聯盟學術年會 (Session chair) | |
| 2021 | 1. 台灣微菌聯盟 2021 秋季研習工作坊 |
| 2. 全國大學校院國際事務主管交流會議-專題座談 | |
| 3. 2021 第4屆台灣微菌聯盟學術年會 (Session chair) | |
| 2020 | 1. 台澳生醫產業交流會議-微菌叢精準醫療技術之最新發展 (Session chair) |
| 2018 | 1. 2018 Annual Meeting of Taiwan Society of Microbial Ecology, Taiwan. (Symposium chair) |
| 2017 | 1. 2017 Annual Meeting of Taiwan Society of Microbial Ecology, Taiwan. (Symposium chair) |
| 2. The 9th Asian Symposium on Microbial Ecology, Korea (Symposium organizing committee, Session chair) |
|
| 2016 | 1. The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology, Taiwan (Symposium chair, Opening remarks, Keynote session chair) |
| 2015 | 1. Cross-Straits Symposium on Environmental Microbiology, Taiwan (Symposium chair, Opening remarks, Keynote session chair) |
| 2013 | 1. The 5th Taiwan-Korea-Japan International Symposium on Microbial Ecology (Symposium chair, Opening remarks, Keynote session chair) |
| 2010 | 1. International Biogas and Biofuel Workshop (Workshop chair, Opening remarks, Keynote session chair) |
| 2. International Symposium on Microbial Ecology (Keynote session chair) |
邀請演講International Invited Talks:
<國際>
| Vietnam | ・ Vietnam National University-Hanoi University of Science (2024)
・ The National Institute of Hygiene and Epidemiology (2024) ・ The 4th International Conference on Applied Sciences (ICAS 2024) (Plenary talk) ・ The 5th Asia Conference on Pharmaceutical Sciences (AsiaPharm V 2023) (Plenary talk) ・ Ton Duc Thang University (2023) ・ The 3rd International Conference on Applied Sciences (ICAS 2022) ・ 越南在台專家協會成立大會 (VNEST) (2022)(Keynote) ・ 教育部駐胡志明市教育組邀請代表台灣的大學演講 (2022) ・ 2nd International Conference of Applied Science, Ton Duc Thang University, Ho Chi Minh City (2018) ・ Thai Nguyen University of Agriculture and Forestry, Hanoi (2017) ・ University of Science & Technology of, Hanoi (2017) |
| Japan | ・ The 13th Asian Symposium on Microbial Ecology (2023)
・ The 15th International Symposium on Biocatalysis and Agricultural Biotechnology, Hiroshima (2019) ・ University of Tokyo ・ Tokyo Institute of Technology |
| Korea | ・The 15th Asian Symposium on Microbial Ecology (2025)
・Changwon National University (2025) ・Pusan National University, Busan (2014, 2015) ・Changwon National University, Changwon (2014, 2015) |
| Australia | ・ Royal Melbourne Institute of Technology (2025)
・ Australian Nuclear Science and Technology Organization |
| Russia | ・ The 1st International Conference on North East Asia Biodiversity, Vladivostok (2018) |
| Taiwan | ・ 第九屆亞洲微生物體趨勢論壇(Asia Microbiome Conference, AMC 2025)
・ The 14th Asian Symposium on Microbial Ecology (2024) ・ The 6th Annual Conference of Taiwan Microbiota Consortium ( ACTMC 2023) ・ 亞太微菌聯盟成立大會暨學術交流會議 (2023) ・ The 13th AFOB Regional Symposium (ARS 2022) ・ The 4th Annual Conference of Taiwan Microbiota Consortium, Taipei, Taiwan. (2021 ACTMC) ・ MOST Science and Tech International Cooperation Research Symposium (2022) ・ The 11th Asian Symposium on Microbial Ecology (2019) ・ 2019 International Symposium of Microbiota Technology, Research, and Development (2019) ・ 5th Microbiome R&D and Business Collaboration Congress Asia (2019) |
<國內>
| Taiwan | ・ 台北榮民總醫院 肝膽腸胃科 (2025)
・ 國立金門大學 食品科學系 (2025、2024、2023) ・ 國立成功大學 生物科技與產業科學系 (2025) ・ 第38屆生醫年會-台灣毒物學學會研討會 (2024) ・ 藥品微生物/細胞製劑管控技術論壇<財團法人台灣檢驗及品保學會> (2024) ・ 台北醫學大學 (拇山生醫講座) (2024) ・ 陽明交大與中研院跨領域分子醫學碩士學位學程Retreat (2024) ・ 輔仁大學 生命科學系 (2024) ・ 陽明交大 生命科學院 (2024、2023) ・ 中國文化大學 生物科技研究所 (2024、2018) ・ 台灣大學 醫學檢驗暨生物技術學系 (2024) ・ TTQAS-細胞生物實驗是品質及安全管理師訓練班 (2024、2020、2019、2018) ・ 輔仁大學 化學系 (2023) ・ 台北榮民總醫院微菌叢植入治療前置作業中心 (2022) ・ The 26th Bacteriology Conference (2022) ・ 台耀化學股份有限公司 (2022、2021、2019) ・ 第四屆台灣微菌聯盟學術年會-微菌精準醫療交流會議 (2022) ・ 陽明大學急重症醫學研究所 (2019) ・ 基隆長庚醫院-陽明大學研究交流討論會 (2018) |
<指導學生於國內外獲獎超過80人次>
| 年度 | 獎 項 | 得 獎 學 生 |
| 113 | 113-1財團法人平安菁英教育基金會菁英獎學金 | 碩士生 胡羽沛 |
| 113 | 2024台灣乳酸菌協會學生論文競賽之學生論文優等獎 | 博士生 張世旻 |
| 113 | 2024財團法人台灣醫學發展基金會論文獎 (特優獎)
研究題目：Nitrate promotes the growth and the productions of short-chain fatty acids and tryptophan from commensal anaerobe Veillonella dispar in the lactate-deficient environment by facilitating the catabolism of glutamate and aspartate |
大專生 洪嘉和 |
| 113 | 國立陽明交通大學「會議論文獲poster award」獎勵
論文題目：Nitrate promotes the growth and the productions of short-chain fatty acids and tryptophan from commensal anaerobe Veillonella dispar in the lactate-deficient environment by facilitating the catabolism of glutamate and aspartate 會議名稱：The 13th Asia Symposium on Microbial Ecology (ASME) 會議重要性：重要會議 (生命科學院) |
大專生 洪嘉和 |
| 112 | 台灣微生物學會112年學術研討會 壁報論文發表
(應用微生物學組 優選) |
碩士生 Tran Ngoc Thang |
| 112* | The 13th Asian Symposium on Microbial Ecology (Young Scientist Multidisciplinary Award) | 博士生 張世旻 |
| 112* | The 13th Asian Symposium on Microbial Ecology (Excellent Poster Award) | 大專生 洪嘉和 |
| 112 | 2023財團法人台灣醫學發展基金會論文獎 (入選獎)
研究題目：The commensal anaerobic Veillonella dispar reprogrammed its lactate metabolism and short-chain fatty acid production in the stationary phase |
博士生 張世旻 |
| 112* | The American Society for Microbiology Best 3MT Presentation Prize at Taiwan Society of Microbial Ecology Annual Meeting (TSME 2023) | 博士生 張世旻 |
| 112 | 嚴智鍾教授獎學金 | 博士生 張世旻 |
| 112 | 2023台灣微生物生態學學會年會 海報展示競賽 (傑出獎) | 碩士生 胡羽沛 |
| 112 | 2023台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 (傑出獎) | 博士生 張世旻 |
| 112 | 2023台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 (傑出獎) | 碩士生 吳晨嫣 |
| 112 | 2023台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 (傑出獎) | 碩士生 Duong Nguyet Anh (楊月英) |
| 112 | 2023台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 (傑出獎) | 大專生 洪嘉和 |
| 112 | 2023年健康食品的開發與不同劑型的加工技術研討會 (Outstanding Poster Paper Award) | 碩士生Duong Nguyet Anh
(楊月英) |
| 112 | 財團法人健康科學文教基金會「第18屆醫學系學生暑期研究計畫」 | 大專生 洪嘉和 |
| 112 | 國科會「111年度大專學生研究計畫研究創作獎」 | 大專生 張世旻 |
| 111 | 111-1財團法人平安菁英教育基金會菁英獎學金 | 大專生 洪嘉和 |
| 112 | 2023-2024中華扶輪獎學金 | 碩士生Duong Nguyet Anh
(楊月英) |
| 111 | 2022年健康食品的開發與實踐研討會 壁報展示競賽 [Outstanding Poster Paper Award] | 碩士生Tran Ngoc Yen (陳玉燕) |
| 111 | 2022年健康食品的開發與實踐研討會 壁報展示競賽 [Outstanding Poster Paper Award] | 博士生 楊宜芳
碩士生 Nguyen Thi Hong Ngoc (阮氏紅玉) |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 壁報展示競賽 [傑出海報獎 Poster Award] | 碩士生Tran Ngoc Yen (陳玉燕) |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 壁報展示競賽 [傑出海報獎 Poster Award] | 碩士生 Nguyen Thi Hong Ngoc (阮氏紅玉) |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 壁報展示競賽 [傑出海報獎 Poster Award] | 碩士生 吳蕙竹 |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 壁報展示競賽 [傑出海報獎 Poster Award] | 醫學系專題生洪嘉和 |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 [優勝] | 藥學系專題生陳乙萱 |
| 111 | 2022台灣微生物生態學學會年會 三分鐘演講論文競賽 [優勝] | 碩士生 陳思潔 |
| 111 | 藥學系-進階藥學研究 [研究啟發主任獎] | 陳乙萱 <藥學系專題生> |
| 111* | The 3rd International Conference on Applied Sciences [Best Poster Presentation Award] | 碩士生Nguyen Thi Hong Ngoc (阮氏紅玉) |
| 111* | The 3rd International Conference on Applied Sciences [Best Oral Presentation Award] | 陳乙萱 <藥學系專題生> |
| 111 | 尹珣若論文比賽初審 [佳作]
(The mutual relationship of emerging commensal and mucin-binding probiotics through physical and metabolic interactions) |
碩士生Tran Ngoc Yen (陳玉燕) |
| 111* | The 12th Asian Symposium on Microbial Ecology [Best poster presentation award]
(The mutual relationship of emerging commensal and mucin-binding probiotics through physical and metabolic interactions) |
碩士生Tran Ngoc Yen (陳玉燕) |
| 110 | Honor Student in the 2nd Semester of 2021 Acdemic Year
110學年度第2學期書卷獎 |
碩士生Tran Ngoc Yen (陳玉燕) |
| 109 | 2020-2021中華扶輪獎學金 | 博士生 Bui Dinh Lam |
| 109 | 2020台灣微生物生態學學會與中華民國真菌學會聯合年會暨應用微生物研討會 [壁報展示競賽優勝]
(革蘭氏陰性菌Pseudomonas nitroreducens TX1三個脂多醣合成基因：功能探討與對界面活性劑分解之角色) |
博士生 蔡博鈞 |
| 109 | 2020台灣微生物生態學學會與中華民國真菌學會聯合年會暨應用微生物研討會 [壁報展示競賽優勝]
(A psychrotolerant Bacillus mycoides isolated from Far East Russia and its properties related to cold-adaptation) |
博士生 Phan Thi Ha My |
| 108 | 中華扶輪獎學金 | 碩士生 朱國修 |
| 107 | 107年台灣微生物生態學學會年會. Jun. 6. Taipei, Taiwan. [3rd Poster award] | 博士生 翁承聰
碩士生 許雯鈞 |
| 106 | 106年台灣微生物生態學學會年會. Sep. 8. Taichung, Taiwan. [1st Poster award] | 博士生 陳新 |
| 106 | 106年台灣微生物生態學學會年會. Sep. 8. Taichung, Taiwan. [3rd Poster award] | 專題生 鄭亦晴 |
| 106 | * The 9th Asian symposium on Microbial Ecology [Outstanding Student Poster Award] | 博士生 蔡博鈞 |
| 104 | 中華扶輪獎學金 | 博士生 蔡博鈞 |
| 104 | * The 7th Japan-Taiwan-Korea International Symposium on Microbial Ecology [Best Poster Award] | 博士後研究員 阮玉俊
博士生 蔡博鈞 碩士生 葉辰瑋 |
| 103 | *The Federation of Korea Microbiological Societies | 碩士生 Nu Ri Kwon |
| 103 | *第十七屆中國環境微生物學術研討會 壁報論文獎 | 碩士生 林駿晏 |
| 103 | *前瞻微生物生態學研討會 壁報論文獎 | 碩士生 許永鈞 |
| 102 | *第五屆台灣、韓國、日本微生物生態學國際研討會
壁報論文獎 |
專題生 林駿晏 |
| 102 | 台灣微生物學會-嚴智鍾教授獎學金 | 博士生 阮玉俊 |
| 102 | 中華扶輪獎學金 | 博士生 陳新 |
| 102 | *Japan College of Rheumatology 2013 conference: Travel award | 碩士生 李怡萱 |
| 101 | 台灣微生物學會-嚴智鍾教授獎學金 | 博士生 林鼎翔 |
| 101 | *東京工業大學 “2012 Summer school” Travel award | 博士生 陳新 |
| 101
101 |
*中國科學院 2012 暑期學校 Travel award
*中國科學院 2012 暑期學校 Travel award |
博士生 陳新
專題生 林駿晏 |
| 101 | 中央大學 研究生研究傑出獎 | 博士生 林怡雯 |
| 101 | 2012年千里馬盃全國創業競賽 金牌 | 博士生 周聖炘 |
| 101 | 學生研發成果績效發表獎金 | 博士生 阮玉俊 |
| 100 | 第二十屆第二次台灣微生物學會年會
應用微生物組口頭報告第一名 |
博士生 林怡雯 |
| 100 | *第十四次中國環境微生物學術研討會 優秀海報一等獎 | 博士生 胡菽蕓 |
| 100 | *第十四次中國環境微生物學術研討會 優秀海報三等獎 | 博士生 林怡雯 |
| 100 | 台灣微生物學會-嚴智鍾教授獎學金 | 博士生 林怡雯 |
| 100 | *中國科學院 2011環境與健康暑期學校 Travel award | 博士生 陳新 |
| 100 | 學生研發成果績效發表獎金 | 博士生 阮玉俊 |
| 100 | 學生研發成果績效發表獎金 | 博士生 林怡雯 |
| 99 | 中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名 | 碩士生 江沂庭 |
| 99 | 中華扶輪獎學金 | 博士生 林怡雯 |
| 99 | 微生物生態國際研討會 壁報論文第二名 | 博士生 周聖炘 |
| 99 | 學生研發成果績效發表獎金 | 博士生 林怡雯 |
| 98
98 |
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名
中華民國微生物學會年會應用微生物組壁報論文第三名 |
博士生 林怡雯
碩士生 林育琦 |
| 97 | 台灣農業化學學會年會優秀論文 | 碩士生 陳珮欣 |
| 96
96 |
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第二名 |
碩士生 王大成
碩士生 鍾依静 |
| 96 | 植物蛋白體學研討會壁報論文第二名 | 碩士生 黃彰彥 |
| 94 | 中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名 | 碩士生 王大成 |
| 93
93 |
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第二名 |
碩士生 邱凡峰
碩士生 陳啟祥 |
| 92
92 |
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名
中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第二名 |
碩士生 徐秉正
碩士生 謝孝正 |
| 92 | 第一屆土壤及地下水技術研討會 優秀論文第三名 | 博士生 陳錫金 |
| 91 | 中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名 | 博士生 陳錫金 |
| 89 | 中華民國微生物學會年會 應用微生物組壁報論文第一名 | 碩士生 梁褔翥 |
論文 :
- Zhang, Shi-Min, Hui-Chu Wu, Jia-He Hung, Shir-Ly Huang*. 2025. Indole derivatives biosynthesis in Bifidobacterium longum infantis and the tryptophan substrate availability. Microbial Biotechnology 18(6):e70167.
- Bui, Dinh Lam, Po-Chun Tsai, Tuan Ngoc Nguyen, Chih-Chen Chen, Shir-Ly Huang*. Growth and gene expression of Pseudomonas nitroreducens TX1 on octylphenol polyethoxylate surfactants. Applied Microbiology and Biotechnology 109:137.
- Tsai, Po-Chun, Thang Ngoc Tran, Ting-Huan Shih, Kyoung Lee, Chen-Yen Wu, Shir-Ly Huang*. 2025. Effects of galU on bacterial physiology and responses to surfactants and antibiotics in Pseudomonas nitroreducens International Biodeterioration & Biodegradation 201:106072.
- Hung, Jia-He, Chung-En Yang, Shi-Min Zhang, Shir-Ly Huang*. 2024. Effects of Lactate and Nitrate on the Anaerobic Growth of Veillonella dispar. Journal of Testing and Quality Assurance 13(2):57-63. (中文期刊)
- Hung, Jia-He, Shi-Min Zhang, Shir-Ly Huang*. 2024. Nitrate promotes the growth and the production of short-chain fatty acids and tryptophan from commensal anaerobe Veillonella dispar in the lactate-deficient environment by facilitating the catabolism of glutamate and aspartate. Applied and Environmental Microbiology 90(8):e011824
<2024財團法人台灣醫學發展基金會論文獎(特優獎)>
<本校生命科學院113年第三季重要論文>
- Zhang, Shi-Min, Jia-He Hung, Tran Ngoc Yen, Shir-Ly Huang*. 2024. Mutualistic interactions of lactate-producing lactobacilli and lactate-utilizing Veillonella dispar: Lactate and glutamate cross-feeding for the enhanced growth and short-chain fatty acid production. Microbial Biotechnology 17(5):e14484.
<2024台灣乳酸菌協會學生論文競賽之學生論文優等獎>
<本校生命科學院113年第二季重要論文>
- Son, Haelim, Shir-Ly Huang, and Kyoung Lee*. 2024. Draft genome sequence of Methylobacterium OT2 isolated from human skin and capable of growing on t-octylphenol polyethoxylated. Microbiology Resource Announcements 13(3):e0119323.
- Hu, Yu-Pei, Shaw-Yuan Ku, Shi-Min Zhang, Shir-Ly Huang*. 2023. The effects of Tween 80 on bacterial growth and viability of common lactic acid bacteria. Journal of Testing and Quality Assurance 12(4):154-160. (中文期刊)
- Zhang, Shi-Min, Shir-Ly Huang*. 2023. The commensal anaerobe Veillonella dispar reprograms its lactate metabolism and short-chain fatty acid production during the stationary phase. Microbiology Spectrum 11(2):e0355822.
<2023財團法人台灣醫學發展基金會論文獎 (入選獎)>
<本校112年第一季重要論文>
- Wu, Hui-Chu, Shir-Ly Huang*. 2023. Analysis of bacterial metabolism of tryptophan to form indole derivatives by HPLC method. Journal of Testing and Quality Assurance 12(1):44. (中文期刊)
- Nguyen, Ngoc Tuan, Wei-Hsin Sun, Tzu Hsuan Chen, Po-Chun Tsai, Chih-Chen Chen, Shir-Ly Huang*. 2022. Gut mucosal microbiome is perturbed in rheumatoid arthritis mice and partly restored after TDAG8 deficiency or suppression by salicylanilide derivative. International Journal of Molecular Sciences 23(7):3527.
- Phan, Ha My Ti, Marina L. Sidorenko, Po-Chun Tsai, Shir-Ly Huang*. 2021. Whole-genome shotgun sequence of Bacillus mycoides strain U53, a psychrotolerant bacterium isolated from Sakhalin Region, Russia. Microbiology Resource Announcements 10(1):e01257-20.
- Dai, Shih-Ping, Wei-Shan Hsieh, Chien-Hua Chen, Yueh-Hao Lu, Hsu-Shan Huang, Der-Ming Chang, Shir-Ly Huang, Wei-Hsin Sun. 2020. TDAG8 deficiency reduces satellite glial number and pro-inflammatory macrophage number to relieve rheumatoid arthritis disease severity and chronic pain. Journal of Neuroinflammation 17(1):170.
<本校109年第三季重要論文>
- Rajendran, Ranjith Kumar, Yi-Wen Lee, Pei-Hsin Chou, Shir-Ly Huang, Roland Kirschner*, Chu-Ching Lin*. 2020. Biodegradation of the endocrine disrupter 4-t-octylphenol by the non-ligninolytic fungus Fusarium falciforme RRK20: Process optimization, estrogenicity assessment, metabolite identification and proposed pathways. Chemosphere 240:124876.
- Madda, Rashmi, Shih-Chang Lin, Wei- Hsin Sun*, Shir–Ly Huang*. Differential expressions of plasma proteins in systemic lupus erythematosus patients identified by proteomic analysis. Journal of Microbiology, Immunology and Infection 52(5):816-826.
- Hung, Kuo-Chan, Ngoc Tuan Nguyen, Yu-Ling Sun and Shir-Ly Huang*. 2019. Bio-Fenton reaction involved in the cleavage of the ethoxylate chain of nonionic surfactants by dihydrolipoamide dehydrogenase from Pseudomonas nitroreducens Scientific Reports 9(1):6827.
<2020 第十七屆 國家新創獎 新創精進獎>
- Lim, Jae Yun, Munkhtsatsral Ganzorig, Shir-Ly Huang and Kyoung Lee. 2019. First complete genome sequence of Haematobacter massiliensis OT1 (chromosome and multiple plasmids), isolated from human skin. Microbiology Resource Announcements 8(18):e00292-19.
- Madda, Rashmi, Shih-Chang Lin, Wei-Hsin Sun* and Shir–Ly Huang*. 2018. Plasma proteomic analysis of systemic lupus erythematosus patients using liquid chromatography/tandem mass spectrometry with label-free quantification. PeerJ (6):e4730.
- Lim, Jae Yun, Ingyu Hwang, Munkhtsatsral Ganzorig, Shir–Ly Huang, Gyu-Sung Cho, Charles M. A. P. Franz, Kyoung Lee. 2018. Complete genome sequences of three Moraxella osloensis strains isolated from human skin. Genome Announc 6(3):e01509-17.
- Rajendran, Ranjith Kumar, Chu-Ching Lin, Shir–Ly Huang, Roland Kirschner. 2017. Enrichment, isolation, and biodegradation potential of long-branched chain alkylphenol degrading non-ligninolytic fungi from wastewater. Marine Pollution Bulletin 125(1-2):416-425.
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計畫 :
- The growth and physiology of human commensal lactate-utilizing Veillonella and its mutualistic interactions with lactobacilli [人體共生的乳酸利用菌Veillonella之特性及其和乳酸桿菌互利交互作用之機制], 主持人, 2024/08/01-2025/07/31, 國科會 (NSTC 113-2320-B-A49-027)
- The mechanistic study of positive interactions of anaerobic Veillonella and lactic acid bacteria [厭氧性韋榮氏球菌與乳酸菌之交互作用研究], 主持人, 2023/08/01-2024/07/31, 國科會 (NSTC 112-2320-B-A49-042)
- Catabolism of ethoxylated surfactants by Pseudomonas species: Stress responses and roles of alcohol dehydrogenases [假單胞菌株異化界面活性劑：逆境反應與醇類脫氫酶的角色], 主持人, 2020/08/01-2023/07/31, 科技部 (MOST 109-2320-B-010-010-MY3; 3 years)
- 教育部補助大專校院STEM領域及女性研發人才培育計畫-藥品微生物科技(女性)研發人才培育和離島高中教育合作 (2025/8~2028/7)
- 教育部補助大專校院STEM領域及女性研發人才培育計畫-微生物科技(女性)研發人才培育和偏遠高中教育合作 (2022/8~2025/7)
- 教育部生醫產業與新農業跨領域人才培育計畫–A類生醫產業與新農業學產研鏈結人才培育計畫–藥品產業創新領域」，協同主持人，2018/3~2022/1，教育部
- 教育部深耕計畫-國際競爭重點領域人才培育計畫-智能動態系統生物領域
研究方向 ：
- 人體共生厭氧菌的代謝調控與健康潛力
人體共生微生物與健康、疾病息息相關，近年更被視為精準健康與醫療應用的重要基礎。然而，我們對厭氧細菌及其交互作用仍知之甚少，研究亦具技術挑戰，本研究聚焦於腸道乳酸代謝，探討乳酸生成菌（乳酸桿菌）與乳酸利用菌（Veillonella spp.）之間的互動。Veillonella spp. 為厭氧性革蘭氏陰性球菌，定殖於口腔與腸道，能利用乳酸為碳源並生成乙酸、丙酸等短鏈脂肪酸，以及由硝酸鹽代謝形成的亞硝酸／一氧化氮，具有次世代益生菌的發展潛力。近年宏基因體研究顯示，Veillonella dispar 與多種健康與疾病狀態相關。我們已揭示其在乳酸環境下的生長與代謝機制，並發現缺乏乳酸時，硝酸鹽能促進其生長，但所依賴的碳源仍未明。計畫將進一步探索關鍵營養因子對 V. dispar 生長與代謝的影響，並透過乳酸菌與 Veillonella 共培養，解析其在乳酸調控與有益代謝物生成上的互利機制。研究方法涵蓋生長動態、代謝物與代謝體檢測、轉錄體學、以及生物膜與共聚集分析，釐清代謝途徑與菌群互動模式。同時將優化營養條件與菌株比例，以提升有益代謝物產出並規劃專利佈局。後續亦將以斑馬魚動物模式驗證相關發現，期望加深對腸道厭氧菌生理與互動的理解，並推動精準健康與產業應用之發展。
- 環境荷爾蒙之微生物降解
烷基苯酚聚氧乙基醇類化合物（如 Tween、Triton）屬於非離子性界面活性劑，廣泛應用於食品乳化劑、清潔劑與農藥分散劑，而微生物如何與此類化合物互動（如毒性耐受、分解利用等）仍缺乏深入了解。我們先前的研究證實，革蘭氏陰性菌株 Pseudomonas nitroreducens TX1 可利用一系列 Tween 與 Triton 介面活性劑作為唯一碳源生長，並經生成acetyl-CoA 經 glyoxylate循環進入細菌中央代謝途徑。但細菌在此高壓環境下如何存活並抵抗界面活性劑的機制，仍待釐清。基於基因體草圖與轉座子突變篩選，我們已發現 42 個與 Triton X-100 利用相關的基因，其中 5 個涉及脂多醣（LPS）合成，顯示 LPS 可能是細菌在界面活性劑下存活的關鍵。另有部分突變位點無法對應於草圖，故將完成全基因體定序以確認相關基因群。本計畫將以 TX1 為模式菌株，聚焦探討脂多醣合成基因在界面活性劑環境下的角色，研究內容包括：1. 脂多醣合成基因缺失對菌株生長與生理功能的影響。2. 界面活性劑存在下，脂多醣在細菌存活與抗性的作用。
研究方法將結合基因剔除與互補、LPS 組成與菌體脂肪酸分析，並利用電子顯微鏡、原子力顯微鏡觀察表面結構與力學特性，同時檢測生物膜形成、菌體運動與表面疏水性等生理特徵。界面活性劑及其代謝物（如壬苯酚、辛基酚）為新興污染物，具生物累積與內分泌干擾風險，對人體健康與生態皆可能造成影響。本研究期望釐清革蘭氏陰性細菌對界面活性劑的抵抗與適應機制，深化基礎認識並奠定未來環境應用與健康風險評估之基礎。
實驗室成員 ：
現在成員
<博士後研究員>
蔡博鈞
<專任助理>
陳治楨
胡羽沛
<博士生>
108-1 楊宜芳
112-1 張世旻
<碩士生>
112-2 Nguyen Ngoc Tram (阮玉湛)
112-2 Nguyen Thi Yen (阮氏燕)
113-1 林芳瑜
114-1 陳宥妤
113-2 Nguyen Manh Tri (阮福臨)
<專題生>
113-1 林沂樺 (醫學生物技術暨檢驗學系)
畢業生
<博士生>
2025蔡博鈞
2025 Bui Dinh Lam (裴庭覽)
<碩士生>
2019 施庭歡
2019 林翰揚
2019 Phan Thi Ha My (潘氏荷)
2020 許雯鈞 (食品安全及健康風險評估研究所)
2021 朱國修
2022 洪邦喩 (臨床醫學研究所) (醫學系B組)
2022 陳思潔
2022 吳蕙竹
2022 Tran Ngoc Yen (陳玉燕)
2022 Nguyen Thi Hong Ngoc (阮氏紅玉)
2024 Tran Ngoc Thang (陳玉勝)
2024 吳晨嫣
2025 Duong Nguyet Anh (楊月英)
2025 胡廷均
2025 胡羽沛
<專題生>
109-1 陳乙萱 (藥學系)
110-1 洪嘉和 (醫學系)
113-1 蔡旻杰 (藥學系)
113-2 Vo Thi Thanh Hoang (武氏青鳳)
實驗室照片
