本校醫學院醫學系微生物學科成立於1977年，主要負責大學部（含醫、牙、醫學技術與護理學系）之教學，另於1981年成立微生物及免疫學研究所（以下簡稱微免所）之碩士班，於1984年成立本校第一屆之博士班（現為微免所﹝博士班甲組﹞）以積極培育微免跨領域之高級研發人才。本所為因應跨領研究之趨勢，於2003年與中研院合作成立分子醫學學程（現為﹝陽明大學 分子醫學學程﹞），於2005年與中研院基因體研究中心合作成立基因體科學學程（現為﹝博士班乙組﹞），於2013年成立微免所在職組（現為﹝博士班丙組﹞）。
微免所目前師資計有專任教師10名，合聘教師 1名，校長特聘講座1名，兼任教師6名及博士班 乙組指導教師27名，另有專案教學助理1名，專案助理1名。
微生物及免疫學研究所的使命願景及達成策略
(一)設立與沿革：
1977年 陽明醫學院 醫學系 微生物學科
1981年 微免所 碩士班
1984年 微免所 博士班(博士班甲組)
2003年 與中研院合作成立分子醫學學程
2005年 與中研院基因體研究中心合作成立基因體科學學程(博士班乙組)
2009年 加入外籍生博士班
2010年 加入海外僑生(含港、澳生)碩士班
2013年 微免所博士班在職組(博士班丙組)
(二)發展願景：
- 成為生命科學領域中頂尖教育單位，以培養第一流的研究及教學人才作為國家學術與產業發展之骨幹
- 成為生物醫學領域中頂尖之研究機構，於專業領域具國際競爭力，獲得同儕認同
- 培育未來產、官、學、研界之領袖人才
(三)達成策略：
著重對生命科學之整體認知及微免領域之專業訓練培養自主學習、終身學習的習慣與能力訓練發覺問題、解決問題的能力強調以學習成效為導向之教學著重邏輯分析、能獨立設計與操作實驗具備良好之語言表達及書寫能力能有效應用有限之人力、物力與時間於實驗工作，並具備團隊研究精神鼓勵基礎與(臨床)應用之整合研究及跨領域研發慎選重要研究課題，強調國際化，以達到世界一流水準為標竿。
微生物及免疫學研究所學生之專業核心能力
※ 具有細菌、病毒、免疫及細胞生物學的專業知識
※ 了解實驗原理並適時加以運用
※ 培養實驗設計能力及獨力操作能力
※ 接受批判思考與自我反省能力